神社をつくる → 守る → 津波による淘汰 → 神社の配置が津波の浸水域に一致。
神社が津波を止めたように見えますが、実際は、津波にのみ込まれなかった神社が残っていたに過ぎません。

神社を守るという科学的根拠のない慣習が、"結果的"に歴史的統計データの収集になり、神社を守ることに意味を持たせました。

根拠や意味、理由というものは、たいてい後付けなんですよね。何がどういう意味を持つか、人知のそう及ぶところではありません。